Patrimoniul muzeului este format în principal din cercetări proprii efectuate pe teritoriul județelor Covasna și Harghita, precum și din achiziții și donații. În prezent în registru de inventar apar 15.000 obiecte.
Patrimoniul arheologic cuprinde vestigii preistorice, dacice, romane și post-romane. Este compus din piese provenite din siturile cercetate:Păuleni Ciuc, Ciomortan"Dâmbul Cetății", Olteni" Cariera de nisip", Covasna "Cetatea Zânelor", Biborțeni, Brăduț etc. Patrimoniul arheologic cuprinde și piese de lemn provenite de la "Băile Figa" Beclean din județul Bistrița Năsăud.
Patrimoniul etnografic este format din două construcții țărănești, numeroase piese de port tradițional, mobilier, unelte și ustensile tradiționale.
Patrimoniul istorico-memorialistic cuprinde casa natală a scriitorului Romulus Cioflec, unde este amenajată Casa memorială Romulus Cioflec și clădirea primei școli românești din Sfântul Gheorghe (1799), precum și obiecte și documente privind istoria și cultura românească pe teritoriul județelor Harghita și Covasna.
Muzeul a organizat până acum câteva expoziții tematice temporare. Începând cu anul 2006, după încheierea perioadei de formare a microclimatului în spațiile expoziționale, muzeul își propune organizarea a două expoziții de bază, permanente (la Sfântu Gheorghe și Miercurea Ciuc), precedată de organizarea unor expoziții temporare.
Începând din 2003, muzeul a organizat o expoziție de bază la filiala sa din acest oraș, Muzeul Oltului și Mureșului Superior.
