Începuturile Muzeului Național de Istorie a Transilvaniei datează din secolului al XIX-lea, mai precis din 1859, când a luat ființă Societatea Muzeului Ardelean, sub oblăduirea căruia s-au constituit colecții de antichități, botanică, zoologie și mineralogie. În anul 1856 contele Mikó Emeric, om de cultură transilvănean, donează vila și parcul său pentru înființarea muzeului care, în 1860, va avea și o bibliotecă proprie. Toate aceste colecții au trecut în 1872 în patrimoniul nou înființatei universități clujene. Din 1929 colecția de antichități a fost preluată de către Institutul de Studii Clasice. Muzeul se va deschide pentru public în anul 1937, în actuala incintă, prezentând vizitatorilor colecții de antichități, ceramică medievală și modernă, un lapidariu medieval, o pinacotecă și o colecție etnografică. Ultimele două vor sta la baza celor două mari muzee clujene, de artă și etnografie. Din 1948 Muzeul de Istorie a funcționat în cadrul Academiei Române, filiala Cluj, iar din 1963 muzeul s-a constituit ca instituție de sine stătătoare, fiind unul dintre cele mai importante muzee din țară.
Muzeul deține bogate colecții de de arheologie preistorică, clasică și medievală (între care depozitul de bronzuri de la Uioara, ceramică, unelte de fier, arme și alte descoperiri dacice din săpăturile din Munții Orăștiei, vasul dacic de cult cu inscripția Decebalus per Scorilo, inscripții, pietre funerare și sculpturi romane), colecții de istorie (între care stampe, gravuri și hărți medievale, arme și documente din timpul Revoluției de la 1848), colecții de monede și medalii, ceasuri și numeroase piese reprezentative de cultură materială din Transilvania.
Deține bunuri culturale clasate în Tezaurul patrimoniului cultural național.
