În special după anul 2002 a început agresarea Bibliotecii de către proporietarul clădirii din piaţa Unirii nr. 3, prin diverşi emisari ai Episcopiei greco-catolice de Oradea, cât şi prin întreţinerea unei campanii mediatice antibibliotecă, pentru a fi scoşi cu forţa din clădire, în pofida legii şi a protocolului semnat împreună la data de 30 septembrie 2002, anexat.