Grigore Tocilescu directorul Muzeului National de Antichităti a început săpături sistematice la Monumentul triumfal în 1882, continuându-le până în 1890; cu această ocazie a dezvelit în întregime monumentul şi a adunat cu migală toate informaţiile despre el. In acelaşi timp s-a îngrijit să se adune din satele şi cimitirele vecine toate piesele sculpturale şi arhitectonice provenind de la Adamclisi. Rezultatele săpăturilor făcute s-au bucurat de o competentă publicare, istoricul şi epigrafistul român luând în colaborare pe arhitectul G.Niemann şi pe profesorul O. Bendorf de la Viena, pentru a interpreta în cele mai desăvârşite condiţii monumentul ^4.

După terminarea cercetărilor la altar, monumentul triumfal şi tumulul funerar, în 1891 Gr. Tocilescu a început sub supravegherea sa directă lucrări la cetatea de la Adamclisi; cercetare a fost efectuată în fapt de inginerul topograf P.Polonic, arhitecţii H.Jacobi, H.Brötz, G. von Cube şi inginerii J. Fakler, O. Richter şi E. Frollo. Însemnările de şantier făcute de aceşti colaboratori au rămas nepublicate la moartea subită a profesorului Tocilescu, care n-a reuşit să dea la tipar decât o parte din inscripţiile descoperite şi câteva consideraţii istorice ^5.. Ca urmare a acestor cercetări Gr.Tocilescu a stabilit că numele antic al cetăţii a fost Tropaeum Traiani, pomenit în izvoarele antice; el a avut şansa ca în primii ani să descopere cele două inscripţii, cea pusă în onoarea lui Traian în 114/115 şi cea din secolul III pusă de decurionii splendidissima (sic) municipii.

S-a cercetat poarta de est şi cea de vest, ca şi strada ce le lega. La poarta de est s-au descoperit inscripţia de construcţie a incintei în vremea lui Licinius şi Constantin şi trofeul ce împodobeau acest acces principal până la sfârşitul locuirii în cetate, deoarece ele au fost găsite în poziţia în care s-au prăbuşit la dărâmarea porţii. Din păcate şi aici informaţiile transmise au fost parţiale şi nu s-a înregistrat existenţa unor refaceri târzii, pe care trebuie acum să le presupunem doar din afirmaţiile că la fel ca la poarta de vest şi sud, intrarea porţii de est a fost îngustată (sau chiar blocată?) la un moment dat cu monumente anterioare ^6..

După câteva sondaje, s-a trecut la dezvelirea celor mai reprezentative edificii: Basilica simplă (A), Basilica civilă (forensis), basilica cu transept (D); şi basilica cisternă (C) şi în cele din urmă şi basilica de marmoră (B). Interesul pentru monumentele construite din piatră cu mortar a dus la distrugerea şi omiterea din planuri a construcţiilor de piatră legată cu pământ, pe care le-au considerat "ziduri barbare".
În acest fel suntem privaţi de o serie de informaţii privind continuarea folosirii acestor edificii în epoca prefeudală.
Abia în ultimele două campanii de săpături s-a ajuns la concluzia că şi zidurile legate cu pământ sunt ziduri de epocă romană şi romano-bizantină şi trebuie săpate cu grije. În aceste edificii s-au descoperit fragmente cu inscripţie de la monumentul triumfal - ceea ce dovedeşte că acesta a fost dezafectat în ultimile faze de existenţă ale cetăţii, pentru ale cărei refaceri s-au folosit şi spolii de pe dealul monumentului triumfal. S-au făcut cercetări, a căror amploare şi rezultate nu ne-au fost transmise, în fortificaţia anexă, considerată provizoriu cisternă.

Cercetările au fost conţinuate în 1910-1911 de G.Murnu, care a considerat că anterior investigatiile nu au fost sistematice şi nu au fost conduse ştiinţific ^7., acuzaţie pe care nu o putem accepta integral deoarece lucrul s-a desfăşurat pe baza unui program logic; este adevărat că am putut constata un sistem de săpătură prin gropi-sondaje, făcute fără nici o grije pentru stratigrafie, dar ţinând cont că acestea erau metodele de lucru la sfârşitul sec XIX, când arheologia nu devenise o ştiinţă cu metode bine constituite, nu trebuie să refuzăm a recunoaşte calitatea informaţiilor transmise ca urmare a acestor cercetări. De altminteri nici metoda de lucru folosită de G. Murnu nu diferă esenţial de cea anterioară; se săpa fără nici un sistem, în adâncime şi se păstrau doar zidurile, fapt pe care-l putem vedea într-una din fotografiile făcute în zona porţii de est; urmele acestui mod de a săpa s-au putut constata şi cu ocazia reluării cercetărilor la această poartă, în 1970.
G. Murnu a conţinuat dezvelirea drumului dintre cele două porţi principale - decumanus maximus - via principalis. Dar după doi ani, lucrările s-au sistat din lipsă de fonduri, Vasile Pârvan mulţumindu-se să prezinte sintetic rezultatele cercetărilor făcute de Gr. Tocilescu ^8..
Din nenorocire şi Muzeul creat prin grija lui Gr.Toculescu la Adamclisi a fost prădat în cursul războiului (1916-1918) şi inventarul s-a risipit.
În perioada interbelică, P. Nicorescu - profesor la Facultatea de Istorie din Iaşi a reînceput săpăturile în cetatea Tropaeum, unde a lucrat aproape un deceniu, dar notele făcute s-au pierdut în cea mai mare parte. Ceea ce ştim este că el a continuat dezvelirea incintei cu aceeiaşi metodă de urmărire a zidurilor; s-au desfăşurat lucrări de dezvelire a zidurilor de la fortificaţia anexă - aşa numitul "bazin de apă".
În 1947, Gh. Ştefan şi I. Barnea au efectuat un prim sondaj stratigrafic, perpendicular pe curtina, între poarta de est şi colţul de nord-est, dar şi rezultatele acestea au rămas inedite.
Cercetările sistematice au reînceput în 1968 sub conducerea profesorului Ion Barnea. Programul propus era iniţial de a cerceta locuirea în toate sectoarele cetăţii notate A-D, în funcţie de cele două axe principale cardo şi decumanus maximus, parţial dezvelite la începutul secolului XX. În cadrul acestui program s-au început cercetări la poarta de est în sectorul A (I. Barnea, Al. Barnea), în sectorul B, în vecinătatea turnului T 6 (I. Bogdan Cătăniciu) şi patru puncte în sectorul C (M. Munteanu-Bărbulescu, M. Irimie, R. Ocheseanu, C. Scorpan şi ceva mai târziu N. Gostar); în sectorul D, a efectuat cercetări extinse M. Sânpetru, Ioana Bogdan Cătăniciu în vecinătatea porţii de est, iar Al.S. Ştefan a început o săpătură în estul basilicii cu transept; Al.S. Ştefan a cercetat apoi în zona de sud-vest a fortificaţiei anexe şi a urmărit apeductele cetăţii. Ulterior, pentru că s-au redus fondurile de săpătură, s-au întrerupt cercetările fără a fi fost finalizate, şi din păcate ele se adaugă lungii liste de săpături inedite din cetate. S-a avut în vedere curăţirea atentă a monumentelor dezvelite prin săpăturile anterioare pentru a recupera totalitatea informaţiilor ce mai existau, în special cu privire la fazele de existenţă ale incintei şi a principalelor edificii de pe cardo şi decumanus (basilica A - I. Barnea; apeductul şi canalul central - C. Domăneanţu). S-a convenit să se păstreze pentru conservare nivelul de locuire din secolul IV p.Chr.

Scopul principal al cercetărilor s-a mutat asupra dezvelirii ultimului nivel al edificiilor adiacente viae principalis şi asupra decopertării şi restaurării curtinei dintre poarta de sud şi cea de vest, pentru a se prezenta cu ocazia unor mari serbări la împlinirea centenarului independentei. Tot pentru acest motiv s-a efectuat şi o refacere a monumentului dedicat lui Mars Ultor de Traian, a cărui masiv de emplecton a fost îmbrăcat cu copii ale metopelor în relief.
Profitând de lucrările din cetate ne-am propus şi am urmărit elucidarea principalelor probleme ştiinţifice:

1. stratigrafia generală pe platoul cetăţii;
2. fazele de existenţă ale incintei;
3. caracterul locuirii în cetate, în epoca romano-bizantină;
4. fazele de existenţă şi planimetria edificiilor deja cercetate.

Rezultatele cercetărilor efectuate până în 1975 au fost publicate în volumul Tropaeum Traiani, Cetatea vol I, apărut la Editura Academiei în 1979.
După 1979, cercetările s-au concentrat asupra marilor edificii - basilica forensis (Al. Barnea), Basilica de marmoră (I. Bogdan Cătăniciu), basilica cisternă (I. Barnea şi M. Mărgineanu Cârstoiu) şi basilica cu transept (Al. Barnea şi M. Mărgineanu - Cârstoiu). A. Panait a efectuat o serie de casete pentru a dezveli cardo maximus spre poarta de sud; cercetarea a fost reluată în 2000. S-a descoperit la vest de cetate o nouă basilică, cercetată de Gh. Papuc ^9., iar basilica cimiterială, cunoscută deja din epoca lui Gr. Tocilescu pe dealul din nordul cetăţii a fost cercetată de Nelu Zugravu.
Al. Barnea şi Mihai Ionescu au efectuat cercetări la fortificaţia anexă care se datează în sec. V-VI.

Din 1991 s-a început cercetarea incintei de nord, turnul T 4, pentru a se controla ipoteza existenţei unei porţi din epoca romană timpurie, pe latura de nord. Ca urmare s-a descoperit poarta de mici dimensiuni care a existat până la sfârşitul vieţii în cetate, la vest de turnul T 4.
Cercetări în necropola romană au fost începute după 1990, dar s-au întrerupt din motive de finanţare.
O privire pe fotografia aeriană zbor 1993 arată că proporţional s-a săpat abia a zecea parte din suprfaţa cetăţii, or din ceea ce ştim astăzi la Adamclisi există o suprapunere de locuire din secolul I a.Chr. şi până la începutul secolului VII p.Chr, aşa încât cercetările pot fi considerate, cu tot efortul făcut, abia la început.