Cea de a treia basilică ridicată în interiorul oraşului va fi construită la intersecţia celor două axe principale, deci în zona centrală. Cercetările efectuate la începutul secolului au dezvelit o basilică cu transept, care a fost datată în sec V. În ultimul deceniu Al.Barnea a reluat cercetarea stratigrafică a basilicii cu transept, numită după sectorul în care se află basilica D. Rezultatele sale încă inedite au stabilit că deja la începutul sec.V p.Chr exista aici o basilică care a fost refacută şi abia în această a doua fază a îmbrăcat forma de basilică cu transept. Planul basilicii cu transept este un plan creat la Roma şi va fi aproape generalizat în Occident

Din cardo maximus se intra printr-un propylon - resturi din porticul vial - într-un atrium 6 x 8 m cu portic pe laturile de nord, sud şi vest.

Curtea a fost pavată cu cărămizi. Din atrium se comunica cu nartexul doar prin partea centrală, prin două uşi de o parte şi cealaltă a axului central.

Nartexul are aceeaşi lungime ca şi atrium şi era împărţit în trei părţi corespunzătoare celor trei nave ale naosului. Atât corpul principal cât şi transeptul sunt împărţite cu şiruri de coloane care crează astfel trei nave şi un dublu transept. Absida păstrează urmele unui syntron semicircular, care formează cu zidul exterior al absidei un culoar îngust - de ambulatorium, care avea deja un rost liturgic. În centrul absidei s-a construit o criptă sau un confessio, către care se cobora pe o scară cu 12 trepte. Cripta are o singură încăpere de mici dimensiuni cu o absidă spre nord şi o nişe spre est; în aceasta din urmă erau adăpostite (în chivot) moaşte sfinte.

Descoperirile făcute aici s-au risipit în cursul primului război mondial. Atât spre răsărit cât şi spre nord s-au adăugat diferite spaţii cu rosturi în cult, sau adăpostind diferite "instituţii" al căror patronaj a fost preluat de biserică. S-a considerat că spre nord ar fi funcţionat un baptisterium. Totuşi, nu avem indicii convingătoare privind această ipoteză.

În cazul în care s-ar dovedi sigură existenţa acestui baptisteriu, atunci cel puţin în secolul VI ar fi existat două baptisteria la Tropaeum. Cele două baptisteria ar confirma ipoteza lui N.Duval că în Illyricum de nord, şi nu numai, botezul nu mai rămâne doar în grija episcopului.