Absenţa ştirilor antice despre o comunitate creştină primitivă la Tropaeum Traiani nu poate fi socotită argument că aceasta n-a existat şi că doar prin voinţa lui Constantin şi a urmaşilor săi imediati s-a implantat o structură creştină în oraş. Prezenţa unei comunităţi creştine şi a unui episcop, chiar anterior Edictului de la Milan ar trebui luată în considerare pentru că cea de a doua basilică din oraş - basilica C s-a construit prin transformarea unei cisterne romane timpurii.

Cisterna. construită în urma atacurilor costoboce din jurul anului 170 a fost săpată în panta naturală a terenului, aşa încât, cel puţin parţial era ascunsă, dar în partea de vest săpăturile de la începutul secolului XX au pus în evidenţă un basin - "fântână"; putem presupune că în această regiune în care lipsea apa, cisterna a fost folosită pentru botez în epoca anterioară lui Constantin. Construirea basilicii cu o singură navă (cu lăţimea de 6,90 m) în basinul central al cisternei încă la mijlocul sec.IV ar putea fi un argument în favoarea acestei ipoteze. Tipul de basilică cu o singură navă şi absidă semicirculară cu deschiderea puţin mai îngustă este timpuriu. Cripta cu două încăperi are axul uşor deplasat faţă de cel al basilicii şi este un adaus dintr-o fază ulterioară.

Basilica cisternă C flanchează via principalis în vecinătatea porţii de vest şi nu pare să fi avut o desfăşurare prea amplă, deşi prin faptul că era în susul pantei ce urca din spre poarta de vest, era avantajată de perspectivă. Basilica de marmoră B şi basilica cisternă au putut fi construite doar după dispariţia lui Licinius.

Prezenţa unui episcopat la Troapeum Traiani este atestată de Notitia Episcopatum, o culegere de date redactată în sec. VIII-IX, dar pe baza unor referiri mult mai vechi; Emilian Popescu consideră că datele privind Scythia Minor se pot data în vreme lui Anastasius-Iustinian pentru sec. V-VI p.Chr.

Sozomenos scrie în secolul V că în Scythia minor "bisericile erau conduse bine de oameni îndrăzneţi, mulţimile nu-şi schimbau credinţa de mai înainte; fară îndoială se spune că din această pricină sciţii au rămas la vechea lor credinţă. Neamul acesta are multe oraşe , sate şi cetăţi. Capitala este Tomis, oraş mare şi bogat, pe tărmul mării... Şi până în ziua de azi stăpâneşte acolo vechiul obicei ca bisericile întregului neam să aibă un singur episcop" (hist eccl, VI, 21,2-3). Acest text reprodus aproape identic în Acta Sanctorum ian III 235, poate trimite la o orgnizare anterioară recunoaşterii creştinismului şi este de văzut ca fiind o formă de organizare specifică - bisericile numeroaselor oraşe recunoşteau preeminenţa episcopului de la Tomis.

Împăratul Zenon (Corpus Iuris Civilis, I,3, 35 [36]) atunci când se îngrijeşte ca fiecare oraş nou sau reconstruit să aibă propriul episcop nu numai propriul teritoriu, independent de oricare alt oraş, face referire la particularitatea de organizare din Scythia Minor, unde "preasfintele biserici de sub oblăduirea oraşului Tomis" să rămână cu organizare proprie. Motivul invocat ar fi starea precară a bisericilor, zdruncinate fără întrerupere de incursiunile barbarilor, ori de altfel sunt chinuite de sărăcie şi nu pot fi ajutate în alt chip decât prin mijlocirea iubitorului de Dumnezeu episcop din Tomis, care este şi oraşul de reşedinţă civilă. Analizând din nou textul prevederii lui Zenon este mai potrivit să vedem în clauzele generale ale legii consfinţirea dezvoltării autonome a oraşelor cu statut recunoscut de împărat, pentru a stăvili ingerinţele în viaţa religioasă şi civilă a acestora. Exceptia scitică constă însă în faptul că prin organizare proprie bisericile oraşelor recunoşteau autoritatea episcopului de Tomis; dacă ţinem cont că Paternus în 520 la sinodul de la Constantinopol era episcopus provinciae Scythiae, metropolitanus, este de presupus că în provincia dunăreană era din vechime obiceiul ca episcopul de Tomis să fie al întregii provincii, ceilalţi episcopi locali, existenţi cel puţin în marile oraşe (greceşti sau de drept roman), recunoscându-i autoritatea.

Textul legii chiar permite să se conchidă că episcopul de Tomis avea autoritatea metropolitană asupra celorlalţi episcopi din provincie, în temeiul faptului că avea reşedinţa în centrul puterii civile a provinciei.

Episcopul unui oraş de drept roman avea autoritate asupra comunităţii din oraş şi din teritoriului său. Un baptisteriu într-un oraş roman de importanţa celui care este Tropaeum Traiani nu poate să aibă aceeaşi semnificaţie cu cea a unor baptisteria în mici castella de pe limes; comunitatea religioasă din Tropaeum, nu poate fi asimilată cu micile centre religioase din aşezările militare de pe limes. Din cele ştiute până în acest moment putem afirma că odată cu recunoaşterea creştinismului şi protejarea lui de către Constantin cel Mare, la Tropaeum Traiani îşi croeşte drum o nouă formă de autoritate morală şi socială, cea a episcopului, ales de comunitatea creştină.

Basilica episcopală B se află în vecinătatea imediată a marelui turn dreptunghiular, în care s-au descoperit mari cantităţi de grâne carbonizate. Nu avem elemente de datare exactă a momentului construcţiei turnului de provizii, dar descoperirile arheologice şi numismatice au permis concluzia că inscripţia de fundaţie pusă de Licinius şi Constantin în 316 nu a marcat terminarea lucrărilor de fortificaţie care s-au desfăşurat şi în deceniile următoare. Credem că putem pune în legătură edificarea marelui turn de provizii în vecinătatea basilicii episcopale de dreptul bisericii de a lua a zecea parte din recoltă în scopuri caritabile (Vita Sancti Severi, 17, 2; 18).