Basilica B, de marmoră în ultima sa formă, desăvârşită înaintea părăsirii oraşului, a fost cercetată până în 1909; în 1979, am început cercetări stratigrafice în basilica de marmoră insuficient publicată şi neconservată şi am definit un plan complex, rezultat al adăugirilor repetate pe parcursul a aproape trei secole de existenţă. Basilicii B inţiale, cu trei nave şi absidă semicirculară spre răsărit i s-au adăugat un nartex şi un atrium, iar spre est pastoforia... Baptisteriul a suferit transformări esenţiale între prima fază şi cea pe care o cunoastem azi. Axul basilicii nu este paralel cu cel al baptisteriului; baptisteriul este parallel cu zidul de incintă pe sectorul de nord al laturii vestice.

Spre sud basilica B este mărginită de o stradelă lată de 2,10 m pavată cu ţigle (28 x 32 cm), care debuşează în curtea în care s-a ridicat baptisteriul. La sud, din această stradelă, se intra intr-o suprafaţă pavată cu lespezi de piatră.

Baptisteriul a fost construit într-o curte creată probabil prin închiderea unui decumanus. Între nivelul stradelei şi ultimul nivel de pavaj din "piaţetă" este un decalaj de 0,40 m, rezolvat prin trepte practicate în dalajul de piatră ce mărgineste baptisteriul.

Basilica B are un naos cu trei nave (nava centrală 7,85 x 25,50 m; nava de nord 3,90 x 25,50 m iar cea de sud 4 x 25,50 m) absida are o deschidere de 6,40 m şi raza de 3,60 m; în faţa absidei s-au păstrat bazele pentru cancelli în jurul altarului.

Spre vest, basilica are un nartex (18,20 x 4,35 m), din care se făcea accesul în fiecare din cele trei nave. În nartex se intra din spre atrium, dar şi din spre sud din spre curtea în care se afla baptisteriul. În zidul exterior, în colţul dinspre baptisterium a fost folosită ca piatră de construcţie o inscripţie Această intrare era protejată de un propyylon sprijinit de două coloane (interaxul 3,20m).

Atât propylonul cât şi intrarea de pe latura de sud a nartexului au fost desfiinţate în ultima fază de refacere a basilicii.

Atrium-ul (7,10 x 7,70 m) este mărginit pe trei laturi de un porticus (lăţimea acestuia pe cele trei laturi este inegală: cel de nord a fost iniţial de 3,20 m, ulterior lătit la 5 m; cel de vest este de 2,50 m, iar cel de sud de 3,40 m). Prin porticul de vest se comunica cu zona în care se ridică baptisteriul. Porticul vestic avea o intrare centrală; iar spre nord se trecea spre o stradelă lată de 4,30 m. Zidul sudic al unui edificiu ce se desfăsoară la nord de basilică, mărginea această stradelă; în zidul de pe partea nordică a srtrăzii se profilează o poartă de 1,40 m lată.

Curtea atrium-ului era pavată cu lespezi mari de piatră şi avea o phiala, ale cărei ape se scurgeau printr-un canal spre vest; la est comunica printr-o scară largă cu partea centrală a nartexului. Şi din cele două aripi laterale ale atriumului se comunica prin câte o scară cu nartexul.

În prima fază de existenţă, basilica de aceleaşi dimensiuni, cu trei nave şi o absidă se pare că avea spre vest doar un porticus; nartexul s-a construit într-o fază ulterioară (sfârşitul secolului V - începutul secolului VI); masivitatea pilaştrilor care împart şi nartexul în trei părţi corespunzătoare celor trei nave ale naosului propun acoperirea lui cu bolţi; simultan cu construirea pronaosului s-a construit atriul.

Între atrium şi pronaos era în continuare o diferenţă de nivel, şi s-a construit o scară largă centrală şi două scări simetrice pentru porticele laterale. Odată cu reconstrucţia radicală de la sfârşitul secolului V - începutul secolului VI se vor adăuga şi pastophoria care flanchează absida; Într-o fază ulterioară, databilă către sfârşitul secolului VI, încăperea din spatele absidei va fi divizată cu coloane, ale căror base se păstrează in situ.

Coloanele de marmoră şi capitelele cu impostă care descopeite prin săpăturile lui Gr.Tocilescu şi von Cube au dat numele basilicii se pare că pot fi puse pe seama refacerii din vremea lui Anastasius-Iustinian, când posibilităţile comunităţii tropeense sunt mai degrabă potrivite pentru un astfel de efort material.

Cercetările noastre au avut darul să demonstreze că baptisteriul nu este o creaţie din epoca Iustinian, cum se credea. Baptisteriul este o construcţie 6 x 11m cu latura lungă orientată nord-sud. În faza ultimă are trei încăperi de dimensiuni diferite. Intrarea se face pe latura de vest a navei sudice. Nava sudică este dreptunghiulară (4,85 x 1,70 m) cu o absidă cu deschiderea de 1,20 m şi adîncă de 0,70 m construită peste zidul de est, demolat anterior construcţiei ei până la nivelul de călcare acoperit de un strat de incendiu.

Nava sudică deschide o trecere spre nava centrală tot dreptunghiulară (5,10 x 1,70 m) cu o absidiolă 1,15 m largă şi adâncă de 0,70 m. În grosimea zidului de nord, (distrus după un secol de când a fost descoperit, fără a fi fost conservat) au fost construite două absidiole care flancau intrarea în nava de nord. În colţul de sud-vest s-a păstrat şi pavajul de cărămidă din ultimul moment de folosintă.

Nava nordică este de plan triconc. Suprfaţa interioară este de 3,50 x 3,60 m, absida de est este adâncă de 1 m şi are o deschidere de 1,80 m, cea nordică are adâncimea de 0,95 m şi deschiderea de 1,75 m; absida de vest a fost descoperită în starea cea mai proastă de conservare, fapt pentru care s-a şi presupus că ar fi permis o deschidere spre stradela din vest; noi am constatat însă că peste zidul de vest s-a păstrat stratul de mortar care constituia baza pavajului în absidă; având acest element clar putem defini deschiderea absidei vestice de 1,40 m şi adâncimea de 1 m.

Este foarte important de subliniat faptul că absida de nord a fost construită după ce s-a pus un pavaj de cărămidă în piaţa din nordul baptisteriului; cărămizile au acoperit talpa zidului nordic al baptisteriului (la un moment dat) şi nu au fost îndepărtate când s-a construit absida cu adâncimea egală cu grosimea fundaţiei.

Sondajele pe care le-am făcut în ceea ce a mai rămas după săpăturile de la începutul secolului XX, au permis să stabilim construirea edificiului baptismal la nivelul N IV, databil în epoca constantineană.

Suprafaţa edificiului baptismal era aceeaşi ca şi cea din ultima fază, dar avea doar două încăperi de plan pătrat 3,90 x 3,90 şi spre sud 3,50 x 3,60 m. Grosimea zidurilor variază între 1,20 şi 1,36 m, ceea ce ne face să credem că cele două încăperi erau boltite.

Încăperea de nord avea absidă spre est şi fundaţia sub absidă era prevăzută cu un canal de aducţiune a apei urmând panta naturală a zonei unde s-a construit baptisteriul. Canalul avea o secţiune pătrată 0,30 X 0,30 m şi s-a păstrat pe lungimea de 0,75 m. În exterior, nu am mai găsit urmele apeductului. Deasupra canalului se afla o mensa eucharistica de forma absidei al cărei lăcaş pătrat pentru fixarea piciorului de piatră s-a păstrat la nivelul de călcare din absidă.

Din păcate o groapă a fost săpată în partea de răsărit a încăperii de nord şi a rupt legătura dintre canalul păstrat în structura zidului şi piscina; s-a păstrat doar o parte din fundaţia piscinei, pe care o puten reconstitui ca fiind de cruce greacă cu colţurile rotunjite; Piscina avea o fundaţie de 0,70 m, din care primii 0,15 m erau din piatră fără mortar; între pietrele brute din fundaţie a fost pus şi un fragment arhitectonic din marmoră alb-albăstruie; Bazinul nu era peste tot la fel de adânc; doar partea centrală era mai adâncă cu cca 0,40 sub nivelul de călcare din N IV; ca tip, piscina quadrilobată are analogii la Ierusalim şi Golgota. Considerăm că avem datele stratigrafice să datăm baptisteriul din prima fază în aceeaşi vreme cu prima basilică.

Ctitoria lui Traian din Scythia Minor este după cum se vede cinstită cu privilegii de către Constantin şi socotim că tot lui i se datorează şi edificarea basilicii B. Nu se poate pune problema că basilica s-a ridicat în absenţa unei comunităţi creştine în oraş. Desigur, nu avem date privind comunitatea crestină de la Tropaeum, anterior secolului IV; numărul mare de martiri anonimi sau consemnaţi în Dobrogea este doar cea mai elocventă dovadă că au existat comunităţi creştine în oraşele dobrogene. Nu cunoaştem identitatea martirilor ale căror schelete au fost aduse în cripta de sub altarul Basilicii A şi nu ştim de unde sunt ei, dar nu este exclus ca să fi fost aduşi din imediata apropiere, de către comunitatea care le cunoştea identitatea şi martirajul.