Între cele două străzi dezvelite în sectorul sud de via principalis s-a descoperit un mare edificiu D E 3. În forma în care s-a descoperit a fost construit în nivelul penultim de locuire în cetate (epoca lui Anastasius-Iustinian), folosind parţial temelii ale unei construcţii din secolul IV p.Chr. O primă încăpere spre decumanus maximus avea planşeul tavanului sprijinit pe două coloane, a căror baze s-au păstrat pe loc; folosind interaxul dintre ele este de presupus că mai existaseră încă două coloane. În afara rolului de susţinere, şirul de coloane avea şi darul să compartimenteze spaţiul.

Aspectul acestei încăperi sugerează folosirea ei în scopuri comerciale. Nu excludem posibilitatea ca încăperea să fi fost supraetajată. O intrare spre sud asigura comunicarea cu o curte interioară aflată în faţa spaţiului de locuit al casei. În această fază penultimă încăperea din spre vest adăpostea cel puţin două chiupuri, fiind probabil cu rosturi de magazie sau bucătărie. Sub porticul vestic al curţii interioare s-au păstrat trei trepte de piatră, care conduceau la etajul superior al edificiului.

Curtea interioară în faţa porticului era pavată cu lespezi de piatră, unele păstrate. Acest nivel de existenţă s-a încheiat print-un mare incendiu; după acest incendiu s-au îndepărtat doar parţial dărâmăturile şi s-a reamenajat o locuire cu mai puţină grijă şi dare de mână. La refacere s-au folosit şi spolii din necropolă. Accesul spre strada din est se blochează cu plăci din sarcofaje şi parţial curtea este transformată în spaţiu locuit prin construirea unor ziduri şubrede. Ceea ce mai rămăsese din curte nu mai avea un caracter închis, comunica direct cu strada. Porticul rămâne în uz şi probabil şi scara mai ducea spre un etaj superior. Toate aceste descoperiri arată o schimbare a stării materiale a populaţiei oraşului.

Numărul populaţiei oraşului sporeşte cu cei care caută protecţia zidurilor, căci aşa cum s-a putut observa în toate sectoarele cetăţii în care s-au făcut cercetări în suprafaţă, s-a înregistrat chiar o reducere a reţelei stradale, o îngustare a străzilor prin extinderea unor edificii peste carosabil. Îndesirea locuirii, ocuparea fiecărui spaţiu liber cu locuinţe tot mai puţin ample contrastează cu somptuozitatea şi dimensiunile basilicilor şi a anexalor lor.

În basilica cu transept se pare că s-au descoperit fragmente de mozaic parietal, risipite din păcate în cursul primului război mondial, odată cu cea mai mare parte din piesele de arhitectură din marmoră de la basilica episcopală B, refăcută în epoca Anastasius-Iustinian.

Tropaeum Traiani era în epoca lui Iustinian un puternic centru religios, în care pe lângă cele patru basilici din oraş şi basilica cimiterială exista şi o basilică extramurană, în faţa laturii de nord-vest (descoperită de colegii de la Muzeul din Constanta).

Dacă luăm în consideraţie succesiunea cronologică a construirii celor patru basilici creştine de la Tropaeum, putem urmări procesul de transformare a oraşului dintr-un sediu al vieţii civile în centru religios sub autoritatea clerului şi episcopului. Basilica de marmoră ocupase la mijlocul secolului IV un loc central în cartierul de nord-vest al oraşului; instituţiile tradiţionale specifice oraşului ocupă zona de la încrucişarea celor două axe majore pe care s-a creat oraşul; în secolul V rolul bisericii este egal cu al instituţiilor civile, ca în secolul VI să-l anuleze.

În epoca iustiniană cele două basilici - basilica A şi basilica D - domină întreg spaţiul forens, iar basilicii civile i se schimbă funcţionalitatea prin conpartimentarea cu ziduri "barbare".

Autoritatea de natură spirituală a episcopului şi a preotilor din oraş a sporit, comunitatea credincioşilor fiind tot mai mult sub influenţa acestora. Fără a dispune de date epigrafice nu putem şti care a rămas rolul magistraturilor tradiţionale, dar este de presupus, tot pe baza analogiilor, că o parte din cler se recruta din familile de honestiores locali.

Basilica episcopală "de marmoră" îmbracă acum cea mai strălucită înfăţişare. Atrium-ul comunică spre nord cu un edificiu de mari dimensiuni. Stradela de la sud de basilică este flancată de o piaţetă cu lespezi din care se intra în edificii secţionate doar în care se găseau mari chiupuri de provizii. Din păcate nu am putut cerceta în întregime complexul religios dezvoltat în jurul catedralei, dar este sigur că ea nu cedează locul deţinut încă de la mijlocul secolului IV, chiar dacă s-ar putea ca basilica cu transept să primească un baptisterium în anexele de nord.

Lipsa izvoarelor scrise din Schytia Minor nu trebuie să ne conducă la concluzia că ar fi existat o decădere cultural-spirituală a vieţii din provincie. O parte din acestă sărăcie a izvoarelor se datoreşte vitregiei veacurilor ce au urmat căderii limes-ului şi o alta, insuficienţei cercetărilor în acest tezaur arheologic, care este Dobrogea.

Afirmarea călugărilor sciţi în viaţa religioasă a Imperiului – şi n-ar fi de amintit decât Jean Cassian (360-434/35) sau Dionisie cel Mic (500-545) - este o dovadă a nivelului culturii de formă latină dezvoltată în provincia dunăreană. Opoziţia călugărilor sciţi faţă de arieni şi monofiziti, orientarea lor spre aria latină a creştinismului este o trăsătură caracteristică pentru epoca ulterioară lui Constantin şi are reflexe şi în aspectul urban şi arhitectural al oraşului Tropaeum

Credem că trebuie să reamintim că provincia Scythia Minor era caracterizată prin două arii distincte de civilizaţie - cea preponderent elenistică a oraşelor de pe litoral şi cea danubiană în care precumpănesc elementele latinofone. În afară de Tropaeum Traiani, nici unul din marile oraşe de statut roman - Troesmis, sau Noviodunum - nu s-au bucurat de cercetări sistematice de amploare aşa încât este prematur să încercăm o comparaţie şi să stabilim diferenţele ce sunt sesizabile între dezvoltarea urbană a acestor oraşe de drept latin, faţă de cele greceşti, ca urmare a formelor tipice imbrăcate în perioada anterioară

Este relevant faptul că atât la Argamum (Jurilovca), cât şi la Histria aria oraşelor se restrânge îndărătul unor incinte noi. Basilica mare, episcopală de la Histria ocupă locul central în aria restrânsă a cetăţii romano-bizantine. Această zonă centrală la Histria nu coincide însă şi nu contracarează clădirile reprezentative pentru viaţa orăşenească, aşa cum se întâmplă la Tropaeum când se construiesc basilicile A şi D.

Ultima perioadă de prosperitate a oraşului Tropaeum Traiani este zădărnicită de atacul avar din 586, după care continuarea vieţii va fi marcată de o şi mai accentuată decădere şi oraşul va muri lent prin retragerea populaţiei în zone mai puţin expuse, mai aproape de sursele de apă.

Dacă ţinem cont că în jurul basilicii cisternă C s-au descoperit morminte târzii, putem să ne imaginăm că o comunitate de călugări a conţinuat să vieţuiască un timp nedeterminabil între zidurile cetăţii abandonate.